Конференция по оценке процесса интеграции, в которой участвуют полномочные представители всех стран-членов, ежегодно собираться на очередную сессию, а в случае необходимости по решению комитета представителей — на чрезвычайные сессии. «Договор Монтевидео-80» предусматривает, что она должна давать рекомендации совету министров по поводу всех аспектов процесса интеграции.

Комитет представителей является постоянным органом ЛААИ, организует ежегодные правительственные совещания по оценке региональных соглашений, утверждает годовые программы работ и бюджет ассоциации, созывает совет министров и конференцию, представляет ассоциацию в третьих странах, разрабатывает предложения для разрешения конфликтов, связанных с нормами и принципами договора. Комитет состоит из постоянных представителей от каждой страны с правом одного голоса. Совет министров, конференция и комитет представителей принимают свои решения большинством в 2/3 голосов.

Генеральный секретариат ЛААИ имеет более широкие функции по сравнению с бывшим Исполнительным секретариатом ЛАСТ. Он разрабатывает предложения для политических органов ассоциации, касающиеся направления процесса интеграции, руководит исследованиями и проектами, представляет ассоциа¬цию в международных экономических организациях, создает вспомогательные органы. Новый договор дает большие полномочия генеральному секретарю объединения, что положительно сказывается на организационной структуре ЛААИ.

Генеральный секретариат ЛААИ состоит из технических и административных сотрудников и возглавляется Генеральным Секретарем, который избирается сроком на три года. На сегодняшний день Генеральным секретарем является Джозеф Ф. Фернандес Эстигаррибиа (Парагвай), вступившим в должность с 19 августа 2009 года.

Видение Генерального секретариата. Мы строим эффективную организацию, которая будет способствовать расширению и углублению процесса интеграции латиноамериканских стран. Это будет способствовать большей функциональной специализации, адаптации стандартов и процессов на потребности наших партнеров, улучшение подготовки и взаимодействия между всеми нами, и активной межучережденческой координации с другими учреждениями.

Миссия Генерального секретариата заключается в том, чтобы обеспечивать технической поддержкой страны ЛААИ, содействовать проведению переговоров, которые отвечают их потребностям и предлагать альтернативные варианты, которые отвечают их интересам и ожиданиям, с целью углубления региональной интеграции в качестве средства достижения экономического и социального развития в Латинской Америке.